C'est une journée comme les autres pour Houtarou Oreki, tranquillement chez lui. Mais sa sœur Tomoe le convainc de travailler comme maître-nageur à la piscine municipale. Arrivé sur place, Oreki rencontre par hasard les autres membres du club de littérature classique. Eru Chitanda remarque la disparition soudaine d'un objet blanc qui se trouvait sur l'oreille d'une femme peu de temps auparavant, ce qui pique sa curiosité. Hyouka : Motsubeki Mono wa raconte les aventures d'Oreki et des autres membres du club de littérature classique, qui s'amusent à la piscine et tentent de percer le mystère qui intrigue Chitanda.