Suite aux événements de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi est dans le coma depuis deux ans suite à un accident de la route. À son réveil, elle n'a aucun souvenir de son passé et est en proie à une profonde solitude. Plus étrange encore, elle remarque des lignes sombres entourant les objets qui l'entourent, et si elle les touche, elle peut les désassembler, ce qui la terrifie profondément. Son amie, Mikiya Kokutou, sollicite l'aide de Touko Aozaki, une mage qui peut aider Shiki à comprendre de quoi ses yeux – les « Yeux Mystiques de la Perception de la Mort » – sont véritablement capables et à les utiliser correctement.