Par une nuit solennelle de juillet 1998, l'adolescente Fujino Asagami est violée sans pitié par un gang de rue dans un bar délabré. Malgré les violences physiques et sexuelles, la jeune fille regarde ses ravisseurs avec la même apathie. Le lendemain, des corps mutilés sont découverts dans le même bâtiment, si déchiquetés que les enquêteurs estiment impossible de considérer le coupable comme humain. Par ailleurs, l'agence de détectives de Touko Aozaki reçoit une demande d'un client, chargeant Shiki Ryougi de capturer ou d'éliminer l'auteur du crime de la nuit précédente. Mais bientôt, la rumeur se répand qu'un seul survivant a échappé au massacre, et le meurtrier ravage tout sur son passage pour le retrouver et l'exterminer. Une course contre la montre brutale s'engage, opposant Shiki à un ennemi dangereux, imperceptible même à ses yeux légendaires.