Lors d'une discussion sur une enquête délicate, le Quatrième Raikage et ses subordonnés sont pris en embuscade par un intrus encapuchonné. Alors que le chef de Kumogakure repousse l'assaut, il découvre avec stupeur que le coupable n'est autre que Naruto Uzumaki ! Cependant, cette tentative d'assassinat n'est pas le seul crime reproché au jeune ninja, qui nie farouchement les accusations. Afin d'éviter un conflit diplomatique, Tsunade l'envoie de force au château Houzuki de Kusagakure, une prison de haute sécurité réservée aux ninjas criminels, jusqu'à ce que la situation soit résolue. Bien que ses pouvoirs soient immédiatement neutralisés par Mui, le directeur de la prison capable de sceller le chakra, Naruto tente témérairement de s'évader, en vain. Mais avec l'aide de deux codétenus, il comprend que cette prison légendaire cache bien des secrets. Découvrant un terrible secret, le trio se lance dans une opération périlleuse qui pourrait être la seule chance pour Naruto de s'évader et de prouver son innocence.