Sous les ordres de Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno et Sai sont chargés de capturer Mukade, un ninja renégat à la poursuite du Ryūmyaku, une ancienne source de chakra située sous les ruines de Rouran. Bien que le Ryūmyaku ait été scellé par le Quatrième Hokage, le groupe ne parvient pas à empêcher Mukade d'en libérer la puissance. Une violente décharge d'énergie engloutit alors Naruto et Yamato avant qu'ils ne puissent s'échapper. En se réveillant dans un royaume aussi magnifique qu'hostile, Naruto rencontre la jeune reine Saara ainsi que trois ninjas de Konoha en mission ultra-secrète. Ils lui révèlent qu'il a voyagé dans le temps et se trouve à Rouran, vingt ans dans le passé ! Pire encore, Mukade s'est déjà infiltré à la cour royale sous le pseudonyme d'Anrokuzan, devenant le ministre de confiance de la reine, alors naïve. En s'alliant à ces trois ninjas, Naruto doit impérativement protéger la vie de Saara pour contrecarrer les plans du scélérat et regagner son époque.