Chargés d'enquêter sur la disparition inquiétante de quatre ninjas détenteurs de pouvoirs héréditaires, originaires de différents pays, Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno et Sai parviennent à les localiser et en informent le Hokage. Toutefois, les plans de Tsunade sont bouleversés par l'apparition de Hiruko — l'instigateur de ces enlèvements et ancien ninja de Konoha obsédé par la puissance — qui révèle avoir absorbé les capacités uniques de ses victimes. À deux doigts de devenir invincible, il cherche à s'emparer d'un ultime pouvoir héréditaire avant de déclencher une guerre totale pour dominer le monde. Alors que les liens passés entre Konoha et Hiruko suscitent la méfiance des autres nations quant à l'implication du village dans cette affaire, Tsunade se voit poser un ultimatum pour résoudre la crise. N'ayant d'autre choix, elle décide de suivre la stratégie audacieuse mais salvatrice proposée par Kakashi — un plan qui pourrait pourtant le mener à une mort certaine. Naruto, cependant, s'y oppose fermement ! Malgré la décision du Hokage, il est déterminé à sauver la vie de son maître, quitte à devoir affronter amis comme ennemis.