L'histoire du film débute lorsque Arata touche par inadvertance « Hermes Apocrypha », le grimoire de Lilith. Soudain, il est enveloppé d'une lumière blanche éclatante et une jeune fille apparaît devant lui. Elle se nomme Lilim et considère Arata et Lilith comme ses parents. Au moment même de son apparition, le monde bascule : la Bibliothèque éternelle, un lieu interdit, s'éveille. C'est en son sein qu'est scellé l'aboutissement ultime de l'alchimie : le Seigneur Démon Blanc. Ce dernier complote pour éliminer Arata et les Trinity Seven afin d'usurper le titre de Seigneur Démon. Débordant d'une puissance inouïe, le Seigneur Démon Blanc attaque Arata, déclenchant une crise désespérée où Arata et les Trinity Seven devront sauver le monde lors de cette ultime bataille.