Lancant une attaque surprise dévastatrice, des ninjas volants du Pays du Ciel cherchent à se venger de leur vieil ennemi, Konoha. Bien qu'il brûle d'envie de rejoindre le combat, Naruto Uzumaki est retenu par Shinnou, un mystérieux médecin qui a besoin de son aide pour sauver un blessé. En conduisant cet homme à l'hôpital, Naruto fait une rencontre inattendue avec Amaru, une jeune personne au tempérament fougueux originaire d'un village voisin, qui cherche désespérément l'aide de Shinnou. Pendant ce temps, alors que les envahisseurs se replient pour reconstituer leurs forces, Tsunade saisit l'occasion d'envoyer une petite équipe — composée notamment de Sai, Shikamaru Nara et Kakashi Hatake — pour détruire leur base. Simultanément, elle charge Naruto, Sakura Haruno et Hinata Hyuuga d'escorter Shinnou et Amaru au cours de leur périple. Toutefois, Orochimaru nourrit ses propres desseins : il ordonne à Sasuke Uchiwa de lui amener le médecin spécialiste de la technique de réincarnation. Alors que le groupe d'escorte découvre par hasard la sinistre vérité dissimulée derrière ces attaques, des plans tumultueux se mettent en branle. Mais même confronté à des retrouvailles imprévues, Naruto ne dévie pas de son objectif : mettre fin à la guerre et à ses conséquences désastreuses.