Les inspecteurs Arata Shindou et Mikhail Kei Ignatov ont mis au jour un dangereux complot. Le Système Sybil, institution suprême d'évaluation de la moralité au Japon, est miné par un réseau criminel qui, dans l'ombre, amasse richesse et pouvoir. L'agent Bifrost Kouichi Azusawa lance alors une attaque directe contre le Département des enquêtes criminelles (CID) en occupant son siège et en prenant l'inspecteur Shindou et ses collègues en otages. Le superviseur de l'unité 01 du CID, accompagné de la commissaire Mika Shimotsuki et des anciens membres de l'unité Shinya Kougami et Nobuchika Ginoza, doit reprendre le contrôle du bâtiment et sauver les personnes présentes. Parallèlement à la prise d'otages et aux exigences d'Azusawa concernant la démission de la gouverneure de Tokyo, Karina Komiya, un complot sinistre se trame en coulisses : un plan secret qui obligera l'inspecteur Shindou à affronter non seulement Azusawa, mais aussi son propre passé. Ces événements le rapprochent peu à peu de la résolution du mystère qui lui a échappé, ainsi qu'à son meilleur ami, Ignatov, pendant de nombreuses années.