Au lendemain du Quatrième Impact, bloqués sans leurs Evangelions, Shinji, Asuka et Rei trouvent refuge dans l’une des rares poches d’humanité qui existent encore sur la planète Terre en ruine. Là-bas, chacun d’eux mène une vie bien différente de son époque en tant que pilote d’Evangelion. Cependant, le danger pour le monde est loin d’être écarté. Un nouvel impact se profile à l’horizon, celui qui s’avérera être la véritable fin d’Evangelion. Enfin, le Human Instrumentality Project est lancé et WILLE prend une dernière position épuisante pour empêcher l’Impact Final.