Quelque temps après les événements impliquant Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime se souvient avoir recruté Haruyuki Arita pour le programme « Brain Burst », une application permettant aux joueurs d'accélérer leurs fonctions cognitives jusqu'à suspendre le temps. Depuis son arrivée, Haruyuki est devenu célèbre parmi les autres Burst Linkers et aide Kuroyukihime à atteindre son objectif : le niveau le plus élevé du jeu. Lors d'une bataille territoriale contre leur légion, Nega Nebulus, Haruyuki et ses amis sont expulsés du programme suite à une violente tempête virtuelle. Partout à Tokyo, les caméras de sécurité dysfonctionnent, ce que Kuroyukihime attribue au bug de Brain Burst. Déterminée à résoudre le problème, Nega Nebulus doit recruter les autres légions pour trouver l'origine du dysfonctionnement et rétablir la capacité d'accélération.