Lors des premiers affrontements contre les monstrueux Anges, les jeunes pilotes d'Eva, Shinji et Rei, portèrent sur leurs épaules le poids des espoirs de l'humanité. À présent, face à l'escalade de la violence des Anges et à la menace du Troisième Impact, Shinji et Rei voient leur fardeau partagé par deux nouvelles pilotes d'Eva : la fougueuse Asuka et la mystérieuse Mari. Manœuvrant leurs gigantesques machines au combat, ces quatre jeunes âmes luttent désespérément pour sauver l'humanité des cieux… mais parviendront-elles à se sauver elles-mêmes ?