Janvier 2118. L'inspectrice principale du Département des enquêtes criminelles, Akane Tsunemori, reçoit un rapport concernant un incident survenu à bord d'un navire étranger : le corps de la professeure Milicia Stronskaya a été découvert. Derrière cet incident se cache un groupe connu sous le nom de Briseurs de paix, une organisation paramilitaire étrangère représentant une nouvelle menace extérieure. Ils ciblent les documents de recherche de la professeure, connus sous le nom de « Papiers Stronskaya ». Retrouvant Shinya Kogami, un ancien fugitif du Département des enquêtes criminelles, Akane se retrouve confrontée à une affaire qui prend rapidement une ampleur inattendue. Les Papiers Stronskaya pourraient révéler une vérité susceptible d'ébranler le gouvernement japonais, voire le Système Sibyl, jusqu'à ses fondements. C'est dans cette histoire restée secrète que le chaînon manquant se révèle.