Une année peut changer une vie à jamais. Les 365 jours passés par la classe 3-E du collège Kunugigaoka avec leur professeur excentrique, Koro-sensei, en sont la preuve. Gardant précieusement en mémoire cette année, Nagisa Shiota et Karma Akabane, anciens élèves, retournent dans leur ancienne salle de classe pour se remémorer les événements marquants de cette période. Les salles, les pupitres, le tableau noir et l'album de classe familiers leur rappellent les événements qui ont fait d'eux des « assassins » et les ont préparés au monde réel. Tel est l'héritage de leur professeur tentaculaire – qui s'était présenté en menaçant de détruire le monde s'ils ne l'éliminaient pas avant la fin de l'année scolaire – et du temps passé dans l'étrange et pourtant exceptionnelle « Salle des Assassins ».