En 2015, après des décennies de recherche, l’organisation de sécurité Chaldea a réussi plusieurs succès dans le domaine de la magie. Grâce aux projets LAPLACE, FATE, SHIVA et TRISMEGISTUS, ils ont pu assurer l’avenir de l’humanité. Cependant, l’observatoire SHIVA chargé de voir dans le futur, ne semble plus voir au delà de 2016. En effet, une irrégularité durant l’année 2004, qui entraînerait la mort de Gaïa et de l’humanité, semble exister. Pour changer ce destin, plusieurs membres, dont Ritsuka Fujimaru et son servant nommé Matthew Kyrielite, sont expédiés à travers le temps.