En apprenant que des îles d'East Blue sont en train d'être détruites, Monkey D. Luffy et son équipage partent enquêter. Cependant, sur leur chemin, un étrange bateau pirate apparaît du ciel, dirigé par le tristement célèbre pirate Shiki « le Lion d'or », un homme qui a mangé le fruit Float-Float et le premier prisonnier à s'être échappé d'Impel Down. Dans sa quête pour vaincre le gouvernement mondial, Shiki kidnappe Nami pour qu'elle devienne sa propre navigatrice et envoie le reste des pirates du chapeau de paille sur ses îles flottantes en tant qu'otages, la laissant dans un dilemme. Séparés dans un pays sous le contrôle absolu de Shiki, Luffy et son équipage doivent survivre à ce terrain mystérieux afin de ramener leur navigateur et ami.