L’histoire raconte le passé de Hajime Hinata (protagoniste du jeu Danganronpa 2), un adolescent pessimiste avec un sens de l’observation particulièrement aiguisé.Nous le suivons lorsqu’il intègre la classe préparatoire pour remporter le Projet Izuru Kamukura, un programme de transformation et d’augmentation du cerveau, jusqu’à son implication dans La Tragédie.