Le 10 Août du Calendrier Impérial, le Saint Empire de Britannia déclare la guerre au Japon. Les îles neutres du lointain Orient et l'unique superpuissance mondiale Britannia, et au milieu, l'épicentre d'un conflit profondément ancré, dont le Japon était responsable. Pendant la bataille du continent, l'Armée Britannienne eut recours pour la première fois aux Véhicules Humanoïde Armés, les 'Knightmares Frames'. Ils possédaient une force incroyable et l'armée japonaise fut aisément vaincue par les 'Knightmares'. Le Japon devient un territoire de l'Empire? et vit sa liberté? ses droits? et son nom disparaitre. 'Zone 11', ce nombre devient le nouveau nom du Japon après la Guerre. L'histoire se déroule en 2017 dans la 'Zone 11'. Le Saint Empire de Britannia y règne depuis ses sept dernières années. Les 'Elevens' vivent dans des ghettos, cédant une majeure partie de leur territoire aux colons Britanniens? Néanmoins des mouvements rebelles et nationalistes luttent pour l'indépendance. Un jeune étudiant de l'école privée Ashford, Lelouch Lamperouge, se retrouve malgré lui impliqué dans le vol d'une arme chimique par un groupe de terroristes. Cette arme s'avère être en fait une étrange jeune fille, qui possède des pouvoirs mystiques?