L'univers de Duel Monsters évolue à nouveau avec le développement du réseau Link Vrains et l'introduction d'une nouvelle mécanique d'invocation : l'Invocation Lien. Grâce à ce cyberespace, les duellistes peuvent désormais créer leurs propres avatars et s'affronter dans une réalité virtuelle pour atteindre la gloire. Cependant, à l'instar du monde réel, le monde numérique n'est pas exempt de guerres, de conflits et de mystères. Il y a des années, une organisation de hackers connue sous le nom de Chevaliers de Hanoi a lancé une attaque contre Link Vrains. Menée par l'anonyme Revolver, leur mission était d'anéantir le programme d'intelligence artificielle appelé Cyberse. Après une tentative infructueuse, l'une de leurs cibles, Ignis, a réussi à s'échapper et à dissimuler Cyberse quelque part dans le réseau. Cinq ans plus tard, le lycéen Yuusaku Fujiki découvre un étrange programme d'intelligence artificielle lors d'un duel sur Link Vrains. Sous l'identité de son avatar Playmaker, Yuusaku et son complice, Shouichi Kusanagi, décident de s'allier à cette entité singulière. Alors qu'il cherche à découvrir la vérité sur un mystérieux incident du passé, Yuusaku affronte les Chevaliers de Hanoi et SOL Technologies dans une course qui pourrait changer le destin du monde.