Rokuro Okajima, jeune employé d'une grande entreprise, est chargé de voyager sur les mers d'Asie du Sud-Est pour livrer un disque contenant des données secrètes et capitales sur la société pour laquelle il travaille. Malheureusement, son bateau se fait attaquer par une bande de pirates free-lance voulant récupérer son bien et lui-même sera pris en otage sur leur bateau, le Black Lagoon, un vieux torpilleur.Pensant que sa compagnie va tout mettre en œuvre pour le secourir, il ne s'inquiète pas outre mesure. Ce qu'il ignore, c'est que ses supérieurs ont engagé des mercenaires pour le faire taire et détruire toutes les preuves de l'existence du disque...Au terme de ce premier épisode rocambolesque, il décide d'abandonner sa vie au Japon pour rejoindre l'aventure de ces pirates des temps modernes.