Contraint de vivre dans un territoire restreint après avoir été ravagée par des Gastreas (parasites viraux), l'humanité vit constamment dans la peur et le désespoir. Rentarô et Enju sont deux membres de la « Sécurité Civile » en charge de lutter contre les parasites. Ces derniers ont reçu une mission secrète de la plus haute importance : empêcher la destruction de Tokyo.