L'histoire prend place dans futur lointain où l'humanité a disparu. A la place, une nouvelle forme de vie s'est développée : les Houseki (gemmes). A l’apparence humanoïde, ils ne sont que 28. Ces 28 Houseki doivent combattre les Tsukijin (Séléniens, habitants de la Lune), qui veulent les transformer en simple décoration. Ainsi, chaque Houseki se voit assigner à un rôle de combattant, médecin ou encore armurier. Phosphophyllite est le plus jeune des cristaux, n'ayant pas encore de tâche attitrée, il reçoit alors l'ordre d'écrire une encyclopédie qui narre leur histoire.