Yu-Gi-Oh! GX se déroule des années après l'histoire de Yûgi Mutô. On y découvre Jûdaï Yûki dans le rôle du héros. Ce dernier va à l'Académie des Duellistes fondée par Seto Kaiba pour y être admis. Il croise en route un personnage dont La silhouette rappelle Yûgi Mutô et reçoit une carte qui l'accompagnera durant son aventure. Yûki est admis et, dès lors, son avenir sera truffé de combats toujours plus difficiles les uns que les autres. Il rencontrera également un professeur qui fera tout pour le faire renvoyer de l'académie : Cronos de Medici. Dans cette académie qui se situe sur une île, il se fera des amis qui l'accompagneront dans les aventures qui l'attendent, tels que Shô Marufuji et Hayato Maede.Mais il se fera aussi des rivaux en la personne de Asuka Tenjôin et plus particulièrement Manjôme. Dès le concours d'admission, ce dernier aura une dent contre Yûki et fera tout ce qu'il peut pour le battre !