Par le passé, les épéistes ont disparu au profit des magiciens. Cette fois, ce sont les magiciens qui vont disparaître pour laisser place à des personnes maniant des armes à feu. L’​AntiMagic Academy est un lieu qui a pour but de former des Inquisiteurs d’Hérétiques. Ils sont chargés de réprimer les menaces causées par des magiciens. C’est dans cette école que Takeru Kusanagi décide de s’inscrire. Cependant, il ne peut se battre qu’avec des épées. À cause de cela, il est relégué dans le 35ème peloton qui a la particularité de réunir les élèves les moins compétents de l’​académie. Il est un jour mystérieusement rejoint dans ce peloton par Ōka Ōtori, qui possède d’ores et déjà les qualifications requises pour chasser des sorciers.