On suit un jeune lycéen qui vient d'arriver à Tokyo après un malheureux incident. Très vite, il devra faire face à des évènements qui vont changer son quotidien lorsqu'il réveillera sa Persona. Au fur et à mesure, entre sa vie de lycéen la journée et celle de Voleur Fantôme le soir, il va découvrir des facettes obscures du monde qui l'entoure...