Yato est une divinité mineure à qui n’est dédié aucun lieu de culte. Afin de bâtir son propre sanctuaire, il gribouille son numéro de portable sur le mur des toilettes publiques, signifiant qu’il aiderait quiconque lui ferait une offrande de 5 yen, s’auto-proclamant dieu de la livraison. Hiyori, fille d’une famille respectable, manque de trouver la mort dans un accident de la circulation. Yato la sauve in extremis mais cette expérience fait d’elle une «Hanyou», une personne qui peut facilement perdre son âme. Après avoir poursuivi et convaincu Yato, ils commencent à faire équipe. Vient s’ajouter au duo un garçon nommé Yukine qui peut se transformer en une arme sacrée pour divinité. Les 3 accolytes vont devoir affronter You, une entité qui persécute les humains, tandis que l’histoire cachée de Yato est progressivement révélée.