Amnésique, Otonashi se réveille dans un lieu qui lui est inconnu. À peine conscient, une jeune fille nommée Yuri lui annonce de but en blanc qu’il est mort et qu’il se trouve dans l’au-delà. Cette dernière se présente comme le leader d’un groupe d’opposants tentant de défier les Dieux par les armes afin de se venger des souffrances qu’ils ont endurées dans leur vie antérieure. Bien que sceptique au premier abord, Otonashi découvrira qu’il ne peut mourir dans ce nouveau monde et que le conflit virulent confrontant l’équipe de Yuri à un ange est bel et bien réel. En quête de ses souvenirs, il s’engagera alors dans cette bataille qui paraît sans fin.