Nous suivons le quotidien de Aya Asagiri, une frêle adolescente persécutée au collège par ses camarades de classe et violentée tous les soirs par son grand frère. Une nuit, alors qu’elle pense à se suicider, son ordinateur se connecte à un mystérieux site internet, sur lequel un étrange personnage lui annonce qu’elle a été choisie pour devenir une Magical Girl ! Armée de sa baguette magique, Aya a le pouvoir de pardonner ou d’éliminer ceux qui lui ont fait du mal. Mais Aya n’est pas la seule fille à qui ce pouvoir a été conférée…