La Génération Miracle, la fameuse équipe du collège Teikô composée de cinq génies. Une légende raconte qu'un sixième membre fantôme aurait fait partie de cette équipe, un membre que les cinq autres respectaient et considéraient comme leur supérieur. C'est la rentrée des classes au lycée Seirin et le club de basket compte désormais dans ses rangs Kagami Taiga, joueur impulsif et prometteur revenu d'Amérique, qui rêve d'écraser la Génération Miracle et devenir le numéro 1 du Japon, et Tetsuya Kuroko, garçon très effacé que personne ne remarque et peu doué pour le basket. Ce dernier aurait pourtant fait partie de la fameuse équipe de Teikô, à la grande surprise de tout le monde. Très vite, Kuroko s'intéressera à Kagami et décidera de l'aider à devenir le meilleur du Japon...