L’histoire nous entraîne dans le quotidien de Emiya Shiro, un lycéen capable d’analyser la structure des objets grâce à la magie.Enfant, Emiya fut témoin du dénouement tragique d’une guerre occulte opposant 7 magiciens et leurs servants (serviteurs) qui détruisit son quartier.Recueilli par un magicien, désormais décédé, Emiya est devenu un jeune garçon solitaire capable de réparer les objets par instinct et de lancer quelques sorts.Cependant, sa vie bascule quand il fait partie des 7 Magiciens qui doivent s’entre-tuer dans la nouvelle Guerre Sainte. C’est ainsi qu’il rencontre son servant, Saber, une redoutable épéiste.